Sesuai dengan namanya, museum tersebut menyimpan ragam koleksi wayang, baik dari Indonesia maupun mancanegara.
Di Museum Wayang kita bisa menemukan berbagai koleksi wayang dan boneka dari negara-negara sahabat diantaranya Malaysia, Thailand, Suriname, Cina, Vietnam, Perancis, Polandia, India, Kamboja, hingga Rusia.
Museum Wayang mengajak untuk mengenal berbagai karakter pewayangan, sikap maupun perilaku lakon dari berbagai daerah.
Hal itu bisa diketahui melalui tampilan wayang yang mempunyai bobot luhur dan tinggi nilainya dalam budaya dengan menyaksikan sejumlah koleksi wayang, seperti wayang kulit, wayang golek, patung wayang, topeng wayang, wayang beber, wayang kaca, gamelan, serta lukisan-lukisan wayang.
Perlu diketahui Wayang Indonesia juga telah diakui oleh badan pengelola budaya dunia UNESCO (United Educational, Scientific and Cultural Organization) pada tanggal 17 November 2003 di Kota Paris.
Dengan memproklamirkan Wayang Indonesia sebagai ‘Masterpiece of the Oral and Intangible Heritage of Humanity’, dimana wayang Indonesia telah diakui sebagai karya agung budaya dunia.