Pada 23 Juli 2000, seorang penasehat Dewan Pimpinan Pusat FPI Habib Sholeh Alatas tewas ditembak orang tidak dikenal di depan halaman rumahnya, usai mengimami shalat subuh di masjid.
Kemudian, esoknya pada 24 Juli 2000, seorang deklarator FPI KH Cecep Bustomi diserang sejumlah orang dan diberondong tembakan hingga meninggal dunia. Meski banyak menuai kecaman dan serangan, FPI tetap kokoh berdiri dan terus menjalankan aksi mereka yang cenderung kontroversial.
https://twitter.com/beritaradar1/status/1335831096219508737?s=20
Dalam dokumen Risalah Historis dan Garis Perjuangan FPI, disebutkan tujuan awal pembentukan FPI adalah sebagai berikut: (1) adanya penderitaan panjang yang dialami umat Islam Indonesia akibat adanya pelanggaran HAM yang dilakukan oleh oknum penguasa, (2) adanya kewajiban bagi setiap muslim untuk menjaga dan mempertahankan harkat dan martabat Islam serta umat Islam, serta (3) adanya kewajiban bagi setiap muslim untuk dapat menegakkan amar ma’ruf nahi munkar.
Baca Juga:Mantan Waka BIN: Penguntitan sampai Berujung pada Aksi Kekerasan Apalagi Pembunuhan, Berarti Ada Misi LainPropam Awasi Personel, Mabes Polri Ambil Alih Kasus Penembakan 6 Pengawal Habib Rizieq Shihab
Di sisi lain, riset yang dilakukan Institut Studi Arus Informasi (ISAI) dalam buku Premanisme Politik (2000) mengungkapkan pembentukan FPI tak dapat dilepaskan dari tiga peristiwa: Kerusuhan Ketapang, Sidang Istimewa MPR, dan pembentukan organ paramiliter Pengamanan (Pam) Swakarsa. Ketiga peristiwa ini merupakan lanjutan gelombang demonstrasi Reformasi 1998 yang bergulir sejak Mei 1998.
Studi ISAI menyebut Kerusuhan Ketapang pada November 1998 merupakan debut FPI di Indonesia. Bentrokan di Ketapang diawali intimidasi puluhan preman asal Ambon yang diduga membekingi perjudian di sekitar wilayah Ketapang, Jakarta Pusat. Warga Ketapang yang berang dengan perilaku arogan tersebut langsung memburu para preman tersebut bahkan membunuh beberapa orang.
Rizieq Shihab sendiri sempat hadir saat kerusuhan berlangsung untuk menenangkan massa. Beberapa saat sebelumnya, ia sempat berceramah di salah satu masjid di dekat lokasi, namun acara itu berlangsung aman. Dalam kerusuhan itu, sejumlah anggota FPI turut berada di tengah-tengah massa.
ISAI mencatat FPI juga turut aktif terlibat dalam penggalangan Pam Swakarsa menjelang Sidang Istimewa 10-13 November 1998 yang melantik B.J Habibie sebagai presiden; mengamankan Sidang Umum MPR pada Oktober 1999; serta membantu aparat membendung demonstrasi mahasiswa yang menolak RUU Penanggulangan Keadaan Bahaya. Saat itu, FPI masih bernaung dalam Pam Swakarsa, sebuah organ paramiliter yang dibentuk militer untuk membendung aksi demonstrasi mahasiswa.